Blue Dragon raconte l'histoire d'un jeune garçcon, Shu agé de 16 ans, issu d'une lignée de guerriers légendaires.
Un beau jour, Shu apprend qu'un Knight Master est arrivé dans leur village. Il se met alors à sa recherche.
Il fait la racontre d'une fille dont le nom est Zora. Malheureusement, le village de Shu se fait attaquer par "L'armée de l'Ombre Bleue" dirigée par Nene.
Zora possède un pouvoir étrange. Son pouvoir permet de transformer son ombre en une créature mystérieuse. Elle combat alors des soldats de Nene. Notre héros voit alors que des personnes de son village sont en danger, il décide d'aller les sauver, et c'est ainsi que son pouvoir apparait, le Blue Dragon. Grâce à ce dernier, il réussit à sauver son village. C'est ainsi que commence l'histoire de Blue Dragon.
Zora est à la recherche de personnes ayant ce pouvoir mystérieux. Ces personnes sont appelés "Guerriers de lumières".
Ces personnages chercheront à percer le mystère qui les entourent et ainsi à découvrir le secret de Blue Dragon. Mais leur périple ne sera pas facile...