L’histoire de Claymore ce déroule dans un univers médiéval à la fois sombre et sérieux ou les humains sont les proies de créatures sans pitiés ni honneurs nommés Yoma(démon). Afin de contre balançé cette menace, une organisation secrète dirige un groupe de guerrières mi humaines mi Yomas, chacunes dotées de compétences spécifiques et hiérarchisées selon leurs forces et aptitudes au combat.
C'est dans ce décor, que se situe l'histoire de Claire, une jeune Claymore au lourd passé qui va lors de l’une de ses missions faire la rencontre de Raki, un orphelin qu’elle va malgré elle adopté d’une certaine manière.